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Servizio Microarray :
Servizio estrazione e analisi qualitativa dell'RNA
Estrazione RNA Totale e miRNA
Per evitare la degradazione dell’RNA è necessario che i campioni siano conservati dal momento del prelievo in una soluzione stabilizzante (Invitrogen-Trizol) e spediti in ghiaccio secco.
Espressione Genica: mRNA e miRNA (Agilent)
Il servizio dà un supporto scientifico-operativo nello studio dei profili di espressione mediante piattaforme Agilent anche sintetizzate su misura offrendo i seguenti servizi:
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Estrazione dell’RNA totale
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Quantizzazione dell’RNA e saggio di qualita’ mediante Nano, Pico o Small Chips (Agilent 2100 Bioanalyzer)
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Amplificazione e marcatura dell’mRNA mediante “one or two color amplification” o marcatura dei miRNA
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Ibridazione dinamica in forno dedicato Agilent
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Scansione mediante DNA Microarray scanner Agilent con risoluzione da 3 micron
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Analisi dei dati con lista dei geni/miRNA differenzialmente espressi
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Ulteriori analisi statistiche
Microarray Analisi dati
Il personale del MicroCRIBI effettua analisi a partire dai dati grezzi da mRNA e miRNA:
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normalizzazione dei dati di intensità (normalizzazione globale, SVN, lowess, per quantili);
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lista dei geni/miRNA differenzialmente espressi (SAM, t-test);
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raggruppamento per Gene Ontology, diagrammi di Venny, ricerca dei Pathways più significativi;
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individuazione di geni target dei microRNA d'interesse e analisi di anticorrelazione;
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integrazione tra profili d’espressione genica e profili di miRNA;
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analisi statistiche di correlazione tra dati clinici e dati d’espressione;
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analisi cluster di esperimenti multipli (Hierarchical clustering, K-means clustering, ecc.);
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